朱熹为官，断断续续不过七年（或九年），将理学思想付诸社会实践的范围与影响毕竟有限，所带来的悲哀还只是一种小悲哀。当统治者将朱子理学上升为封建社会的最高准则，凌驾于广大民众之上时，则给中华大地带来了一场深重的灾难，形成了长达700多年的民族大悲哀。
朱熹生前，理学并不见容于朝廷，朱熹本人也迭逢厄运，屡受打击。在因政治之争而带来的党禁与学禁中，理学常以“伪学”之名屡遭禁止。朱熹死前四年，因担任皇帝侍讲时卷入政治纷争，他遭遇了平生最大的一次风浪与险恶。先是叶翥上书皇帝，说朱熹是伪学之魁，建议将道学家的书籍尽行销毁。然后，监察御史沈继祖又站出来指控朱熹十大罪状，说他不给母亲好米吃，是“不孝其亲”；引诱尼姑二人为宠妾，是不修其身；还找出一些其他的证据，说他“玩侮朝廷”、“不敬于君”、“不忠于国”……犯有如此大恶之人，自然是不杀不足以谢天下，“乞斩熹”也就是一项顺理成章的要求了。
沈继祖所列罪证，有的纯属诬陷，早年的朱熹就在《孝经》上写过“不若是，非人也”的语句，父亲早死，他的生活教育，全靠寡母，对母亲也就格外孝敬。朱熹一生时间多用于讲学，生活收入主要依靠经营刻书售书，手头拮据无法让母亲吃上好米，这种情况不可能没有，但以此为据说他“不孝其亲”，就有点小题大作甚至冤哉枉哉了；而“不敬于君”、“不忠于国”之类的词语，明眼人一看就知是在不择手段，无限上纲；所有罪状中，最值得抨击的就是引诱两名尼姑之事。在一妻多妾的封建社会，纳妾也属正常，朱熹夫人早逝，作为一个有着正常生理欲望的男人，与女人相处也不为过，只是这种行为与他宣扬的“存天理，灭人欲”自相矛盾，最最关键的是不该弄错对象，去找什么尼姑。
朱熹虽然只当过40天的经筵侍讲，但他毕竟是新皇的老师，自然不会治他的死罪。但是，宁宗还是将朱熹“伪学”打成“逆党”，共有大小59名官员受到牵连，列入《伪学逆党籍》中。宁宗还诏令以朱熹为首的道学伪徒“改视回听”，否则“必罚无赦”。一时间，弄得朱熹门人故交，人人自危，不少人路过其门，也害怕得不敢入内。直到朱熹死时，被斥为“伪学”的理学仍未解禁。
从小就立志做一位“圣人”的朱熹，虽在生前没有看到自己的无尚显赫与尊荣，但对自己的学说及未来，似乎充满了一股强烈的自信。“非徒有望于今日，而又将有望于后来也。”朱熹寄希望于“后来”的预言，在他死后九年就开始变为现实，那些荣耀与光环接二连三地蜂涌而至，甚至超过了他的期望与想象，达到了登峰造极的地步。
嘉定二年（1209年），还是那个下诏将朱熹“伪学”列入“逆党”的皇帝宁宗，突然回心转意了，下诏赐朱熹遗表恩泽，谥曰文，称“朱文公”。一年后，又追赠朱熹为中大夫、宝谟阁学士。再过两年，即嘉定五年（1212年），将朱熹的著述《论语集注》与《孟子集注》列入学官，作为国家法定的教科书。
如果说宁宗对朱熹的平反带有某种平衡政治的味道，那么此后帝王对朱熹的封赐、追捧、利用与造神，则是认识到他的理学思想可起到恢复王道之治、稳定社会秩序的重要作用。1227年，理宗下诏“特赠熹太师，追封信国公”，并按祭祀孟子的规格礼仪来祭祀朱熹；1269年，度宗下诏，赐朱熹祖籍婺源为阙里，差不多将他抬到了与孔子相提并论的地步；元朝作为入主中原的蒙古异族，统治者也利用朱熹稳固自己的政权，元仁宗恢复科举，诏定以朱熹《四书集注》为内容考试天下士子；1335年，元惠宗下诏兴建朱熹祠庙，自此以后，朱熹文庙受到历代统治者的顶礼膜拜；到了明代，朱元璋更加推崇朱学，以朱熹的《四书集注》和《五经》命题试士，明廷下令天下学宫祭祀朱熹，以至有“重朱子所以重孔子”之说，朱熹的正统地位巍然耸立，无可动摇；满清入关，仍利用朱熹理学，认为“朱子者，天下之朱子也，万世之朱子也”，此后哪怕有圣人再出，也不可能超过朱熹了；1712年，清康熙帝谕旨，将朱熹牌位从孔庙东庑先贤移到大成殿“十哲之次”，配享先圣，并规定在朱熹文庙每年春秋之时，举行两次隆重祭典，康熙还称道朱熹是“集大成而绪千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规”……在封建帝王的推崇与操纵下，朱子理学由区域化、民间化走向普世化，一个偶像化的造神运动终于完成，朱熹由一名学子，跃升为人们景仰、供奉、朝拜的万世圣人与新的神祇。
要达到国家一统、社会稳定、长治久安的目的，就必须禁锢自由、统一思想，朱熹理学正好迎合了封建统治者的心态，并与专制集权的历史传统、现实土壤十分吻合。随着统治者的推波助澜，朱熹被抬到了无以复加的尊崇地位，闽学由一个地域性学派跃升为统治者的精神支柱，多次遭禁的理学成为官方的意识形态，朱子学成为凌驾于一切学问、理论、流派之上的统一思想。自朱熹理学主宰中国思想历史的舞台之后，佛、道就再也没有还手与反击之力了，即使那些少而又少的反朱攻朱者，也出自儒学同门。在“唯此唯大”的700多年时间长河中，朱熹思想对中国古代社会的政治生活、文化结构、伦理道德、理想人格、价值取向、思维方式、生活方式、风俗习惯等方方面面产生了极其重大的影响，并在某种程度改变了民族的心理结构与文化基因。
汉代定儒家于一尊，贬抑诸子百家，传统思想受到了严重束缚；而理学只是儒学的一个流派，朱子学又是理学中的一个分支，可以想见的是，当作为儒学流派之一的又一个分支的朱子理学上升为整个社会的指导思想之时，会给华夏民族造成怎样的束缚、狭隘与短视。束缚越来越紧，道路越走越窄，识见越来越短，思想、学术、理论全给规范在朱子理学的唯一封闭通道内，对天道、自然、人生的阐释只有朱熹一人通过《四书集注》、《五经》在形销骨立的科举学子笔下发出微弱的声音，道德的绝对化走向了朱熹复归人性的反面，整个民族的生命本能、创造活力、昂扬激情给损耗、消磨于无形之中，人心麻木，社会停滞，民族积弱，700多年的漫长时光也因此而变得凝固、喑哑与黑暗。西方著名学者马克斯·韦伯曾一针见血地指出道，儒学缺乏深层的文化动力实现自身变革，是一种不能推动社会转换的保守意识形态，也是扼杀资本主义萌芽的祸首。儒学如是，作为分支的理学更甚。
这是朱熹的悲哀，更是整个民族的悲哀！
在民族的记忆深处，理学家是那样的愚味、迂腐、残忍，“理学杀人”的毒害与惨祸是那样剧烈，道学成了虚伪、空谈、古板、矫饰、顽冥、乖戾的代名词，一句“人死于法，犹有怜之者，死于理，其谁怜之”的话语，道出了数百年来广大民众在理学阴影笼罩下不得不承受的辛酸、悲哀、痛苦与无奈。因此，当西方文化传入中国，自戊戌变法特别是“五四”新文化启蒙运动以来，无数仁人志士、思想家、文学家、政治家，都对封建理学予以悲愤的控诉与猛烈的抨击。在“打倒孔家店”的呼声中，朱熹的光环逐渐消失；到了“文革”时期的评法批儒，批林批孔批朱熹，朱子学被视为反动的吃人哲学，朱熹的声誉几乎跌至零点，特别是在“法家爱国，儒家卖国”的评价准则下，朱熹由大圣人一变而为投降派、卖国贼，成为民族的罪人。
当我们从多维的视野出发，对朱熹进行描述、透视与评说，就会变得客观、平和而公允，他既不是笼罩着神圣光环的圣人，自然也不是罪人；“理学杀人”对民族的戕害，是历代封建统治者对朱熹思想、学说、理论的利用，不能将理学所带来的一切罪过堆砌在朱熹一人头上；就哲学思想、学术成就及授徒讲学、传播文化而言，朱熹是一个成功的哲学家、教育家，算得上一位历史伟人；随着社会的发展，朱熹理学不可避免地与现代社会产生一些矛盾与冲突，如重义轻利价值观与社会生产力发展的矛盾，社会本位与个性自由的矛盾，修身养性与建功立业的矛盾，人治思想与法制建设的冲突，崇古意识与开拓精神的冲突，专制思想与现代民主的冲突……这些与现代社会格格不入的矛盾与冲突，都是我们应该肃清的消极因素与负面影响。然而，我们也应该看到，朱熹及其理学也积淀着不少可资弘扬的思想精华，如刻苦精进、自强不息、崇尚气节的人格，兼收并蓄、兼容并包的气度，克己奉公、道德自律的精神等等，都是民族的宝贵财富。如果我们能够很好地将这些文化精髓进行创造性的转化，对当下的现代化建设定能起到一定的推动作用。
在中西文化的碰撞与交融中，在全球一体化的背景下，儒学及理学既不可能复兴，也不会在短时间内全然消失。儒学两千多年对国民性的改造与塑造，理学七百多年对中国传统思想的绝对统治，已形成一股巨大的历史潜流，仍绵延不绝地流淌在我们脚下的土地，作用于我们的现实生活。面对这一不得不正视的事实，关键在于我们如何反思、扬弃与超越。